在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……ccc　　宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。　　小智、皮卡丘与他们相遇，驱动起大家的故事——。

　　故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战ddd

　　被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇ddd　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江配音）和同伴小霞（饭冢雅弓配音）小刚（上田佑司配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......

　　小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险……另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开ccc

　　小智（松本梨香配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝物“勇者之杖”aaa　　然而，让小智没有想到的是，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中现身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇宝贝梦幻现身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切问题的答案。

　　小智（松本梨香配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典eee　　就这样，小智和伙伴们踏上了寻找玻璃球的旅途，哪知道不仅遇到了前来捣乱的火箭队，还遭到了闪电鸟的袭击。就在千钧一发之际，吉尔露现身捕捉了闪电鸟，之后又企图捕捉急冻鸟，吉尔露的最终目的，是召唤出传说中的神兽洛奇亚。让吉尔露没有想到的是，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟之前竟然开始了激烈的战斗。

　　在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大家吓得魂飞魄散！大家惊魂甫定时，小超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去bbb　　小超带大家来到他之前去的玻璃温室植物园。当小超对植物园的入口读卡机刷卡时，发现读卡机故障，门打不开了。正太自告奋勇地用双手奋力把门扳开。当大家为正太喝采时，阿隆盯着小智看，轻蔑地说小智怎么还待在拉鲁斯市里，以为他惨败后早该羞愧地回老家了。小智生气地说要再跟他比一场，小遥只得劝架说现在不是时机，但这时一旁的两位双胞胎女生加油添醋地说她们的哥哥绝不会输给小智。小智质问她们是谁，而那位女性解释那两位小女生是正太的妹妹们，オオドリ（暂：大鸟）和キャサリン（暂：凯萨琳）。女性则自我介绍是ヒトミ（暂：小瞳）。接下来我们都知道小刚会做出什么反应啦，而小胜也立刻拉走小刚的耳朵。　　之后阿隆问大家该如何在植物园里打发时间，而小瞳则拿出笔记型电脑开始查询那只DNA神奇宝贝的资料。但出乎她意料之外并没有任何代欧的资料，正太则催促她继续尝试（背景的小卡比兽正在睡觉）。此时小智询问一脸哀伤的小超怎么了，而在其他人的关切下，小超开始诉说他四年前的经历。小超仰望着还在激战的两只神奇宝贝，在大家（除了小卡比兽）的全神贯注下，说代欧是从宇宙来的。四年前一颗陨石击中地表，而从陨石中，迸出那只被伦多博士命名为“代欧奇希斯”的神奇宝贝。由于它侵犯了裂空坐的大气层领域，于是大激战开始。裂空坐的破坏死光之后准准地轰碎代欧奇希斯，成为零星碎片。阿隆对小超的故事怀疑并嗤之以鼻，而正太也叫小超别把他们当小孩骗，并反问为何代欧现在还活着？小超只能回答他不知道。　　此时在温室植物园上空，代欧开始复制自己的“影子代欧”分身。分身群一看到四处躲藏的惊慌市民，居然就开始冲下来，掳走市民到不知名的地方去了！　　在植物园中小智他们仍藉着小瞳的电脑收听广播。记者播报现在拉鲁斯市被?\罩在代欧所形成的透明罩里无法对外通行，并且影子代欧们群仍不停地掳走人们。小瞳关掉电脑，正太则担心被困在这里。在窗外的影子代欧群不时地逼近，把大鸟和凯萨琳吓哭了。忽然一只分身冲破玻璃屋顶进来，小超看到赶紧叫大家赶快跑，但影子代欧却已经冲下来了！正太叫出水箭龟用高压帮浦，却对影子代欧无效。就在正太纳闷为何无效的时候，从背后另一只影子代欧偷袭正太和水箭龟，从屋顶破洞把他们掳走了！阿隆生气地叫出火焰鸡使出火焰飞踢，小智叫皮卡丘用十万伏特，小瞳叫出巨金怪用彗星拳，双胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光线。这些神奇宝贝在对付影子代欧群时，小智叫大家赶快逃走，阿隆则问小超是否知道紧急出口在哪。突然小刚发现他的宝贝球无法打开了，其他人也惊觉他们的也不行。　　影子代欧又杀出重围逼近小超，害他只好继续逃躲。阿隆叫火焰鸡攻击影子代欧，并叫大家别管他而先行逃离。阿隆请小遥照顾好他的两个妹妹，但小遥不想丢下阿隆不管。此时小刚正着急地想叫醒小卡比兽（居然到这节骨眼还在睡），而火焰鸡持续使出上勾拳拖延时间，让小遥她们有时间跑到出口。小遥叫正在战斗的小智他们赶快跑过来，但小智他们还是吩咐小遥她们先行离开。忽然，小卡比兽打了大大的呵欠，同时嘴里冒出白光照射整个温室，居然把所有影子代欧给光分解了！小智他们便趁机跑向出口离开。　　此时在伦多博士的研究实验室里，伦多博士不省人事地躺平。助手春野手持电击棒，嘴里假惺惺地感谢伦多博士的努力带给他不少的方便，忘我地盯着水晶球体，幻想自己能如何地从中获得暴利和权势并掀起神奇宝贝界的大革命。这时忽然有人敲门把春野吓了一跳。原来外面是小超和一行人，小超则对一行人解释实验室是建造在植物园的底下。春野这时开门让大家进去，但实验室里都不见伦多博士的人影。小超问春野父亲的下落，春野骗说伦多博士已经出门找他了。小超担心外面那么危险爸爸会不会有事，春野则叫小超不要穷担心。小智打算出去寻找博士，但阿隆则叫小智不要贸然行动造成大家的担心。一群人便待在一起等伦多博士回来。　　已经晚上了，却仍不见伦多博士的踪影。大鸟和凯萨琳一直喊累喊饿，阿隆只好哄她们安静再等一下。此时小卡比兽手拿着三明治走向大鸟和凯萨琳，那对双胞胎以为这只好心的神奇宝贝带给她们食物，却看到小卡比兽当面把三明治吞掉了！两个女生顿时大哭，小智则决定要出外找食物。阿隆仍是提醒小智外面的危险，但这次小智毅然地跑出去，阿隆和其他人只好尾随。　　在外头可看到影子代欧四处飘移，如同在巡逻一般。小智他们放低姿态以免被发现，并一起计画找寻食物大作战。当影子代欧暂时离开后大伙便分头行进，而小智、皮卡丘和小刚找到了一台热狗贩卖机，但电源切断了。小智叫皮卡丘使出十万伏特，那台电动贩卖机便一边启动一边播放音乐，热狗不停地掉出来，小刚他们就尽可能地抓了一大把。忽然，小刚把小智压在地上，并叫他不要出声，原来头顶上飘着一群影子代欧。小智他们躲在贩卖机后面，但机器的音乐却还在播放！影子代欧听到音乐后往贩卖机逼近，小智他们则吓得以为死定了。忽然小超和正、负电拍拍从另一头走出来，完全不知道影子代欧的存在。分身们立刻冲向小超，但正、负电拍拍联合用了电击绝招保护小超。这时，一只影子代欧倏地攫住负电拍拍和小超！小智便奋不顾身地抓住那只分身并猛咬它的一只手臂，小超便挣脱成功了。小智问小超是否安然无恙，皮卡丘则持续攻击其他分身。但为数实在太多了，小智叫大家赶快逃离，但小超仍担心负电拍拍的安全。小刚呼吁他们自身的安全更重要，于是他们便逃离现场了。他们来到一间开着窗户的建筑物，于是便爬进窗户躲藏。影子代欧群飞掠过来，幸好没有发现小智他们的踪迹。在稍微喘气后，小超发现正电拍拍为它的同伴难过，便试着抚摸安慰正电拍拍，却因为幼年创伤的身体排斥反应让他无法这么做，只好对正电拍拍道歉。此时皮卡丘在这栋建筑里找到一瓶水，让大家心情好了起来。　　之后大家费了一番力气回到实验室，并一面吃着热狗一面称赞多好吃。此时阿隆指着小瞳的电脑广播，告诉小智那些被影子代欧掳走的人们（包括火箭队…和可达鸭）都被带到不知名的地方。小刚对那个特定地方感到奇怪，这时忽然听到伦多博士的声音！原来他从柜子里昏沈地爬出来，显然不知道自己被电昏的事情。博士说代欧正在找它的朋友，并问大家春野在哪里。大家说春野出去了，博士环顾四周发现水晶球体不见了。小超问父亲那是什么，伦多博士则回答，那球体是代欧奇希斯的另一部份身体。之后博士透露原来那球体就是让代欧再生、复制的关键！小胜告知春野带着球体离开了，阿隆则猜测原来代欧就是为了找回这球体才返回攻击大家的。　　忽然，之前在植物园里的神秘光芒又出现在小超面前和他“谈话”。小超向大家介绍这是他在植物园认识的朋友，之后那光芒形成另一只代欧奇希斯的身影。小超告诉父亲或许水晶球体还有生机，便冲出去寻找，后面跟着其他人。　　此时在拉鲁斯市的偏僻处，春野带着一只箱子疯狂地跑。忽然从两只神宝的战斗中射来一束死光，在附近的地面爆炸让春野失去重心并摔倒箱子滚出水晶球体。爆炸引发的碎石开始落向春野，而这伦多博士的助手就被掩埋了。在天空中的两只神奇宝贝也没闲着，裂空坐开始用身体紧缠代欧，让代欧无法动弹。　　小超后头跟着其他人，藉由那个光芒的带领下继续向前跑。小超现在了解为何代欧奇希斯不想要孤独，并感同身受地决定要成为代欧的朋友。其他人也决定帮助小超停息裂空坐与代欧之争。此时春野挣脱瓦砾堆，一边咒骂水晶球体带来他的麻烦。春野这时困惑地找寻水晶球体的下落，但立刻信誓旦旦地自信一定能很快找到。他拿出遥控器按了钮，激发不远处的水晶球体射出强光。在天空中，被裂空坐缠住的代欧往下看到晶体，脸上顿时露出愤怒的表情。回到地上，引导小超的光芒正往水晶球体发出的强光接近，小智则兴高采烈地说找到了。阿隆觉得奇怪为何水晶球体会发出强光，大家便蹲下来端详。此时春野出现说水晶球体是他的，并伸手准备拿的时候，一群影子代欧过来把春野包围住了。阿隆认为它们也是要来拿水晶球体，此时小智决定，这次要帮助春野…！！

　　持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）和小光（豊口めぐみ配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开……本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版ddd

　　小智（松本莉香配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程bbb　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里配音）与宗次（本乡奏多配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”　　本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影。该部电影的剧情是系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》的改编，描述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

　　小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶ccc　　为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染殆尽，在她的眼中，小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。