《果宝特攻3》讲述了菠萝吹雪偶然间穿越到了古代的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果，菠萝吹雪从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的英雄。菠萝吹雪开始修复时光机的旅程，竟然遇到了水果伙伴们的祖先，最后帮助他们打败了火龙果，并顺利回到现代eee

　　在水果江湖中，武术是最受人追捧！其中更以果宝大侠橙留香、菠萝吹雪、陆小果成立的正教最让人瞩目。三人号称果宝三剑客，在水果江湖行侠仗义，锄强扶弱，受到万民崇拜。但就在正教三周年庆祝会上，四大恶贼横空出世打败三剑客，将正教改为歪教，并四处铲除其他教派，抓捕村民，将水果江湖搅得民不聊生eee　　为解救民众和重现正教，在江湖奇人疯清扬暗中帮助下，三剑客打败怪兽得到神兵升级机甲，一路向着四大恶贼的所在地进发，在途中更与上官子怡、小果叮、夜燕等人共同经历了一段段嬉笑怒骂，热血搞笑的故事。而一次次的苦战，就是一次次成长，凭着百折不挠，永不放弃的心，三剑客终于打败四大恶贼，重回巅峰。　　当三剑客以为危机解除，未曾想四大恶贼的幕后主使东方求败出现！面对企图颠覆水果江湖的东方求败和四大恶贼，三剑客与疯清扬等人与他们在七界山莲花处展开了一场惊天动地、事关水果世界存亡之战。最终，三剑客等人与东方求败和四大恶贼同归于尽，用生命守护了水果世界。